Para ter um único pendrive com as instalações de Linux e Windows utilize a ferramenta Ventoy, que cria um pendrive multiboot.

Você apenas copia as imagens ISO de ambos os sistemas operacionais para uma partição especial, sem precisar formatar o pendrive repetidamente. 

No entanto existe o YUMI que também permitem criar pendrives multiboot, mas o Ventoy é amplamente recomendado pela sua simplicidade e compatibilidade. 

Como criar o pendrive multiboot com Ventoy:

1. 1. Baixe o Ventoy: Visite o site oficial do Ventoy e baixe o programa para o seu sistema operacional (Windows, Linux). 
2. 2. Instale o Ventoy no pendrive: Execute o Ventoy e selecione o pendrive onde deseja instalar o sistema. O programa criará as partições necessárias para o funcionamento do multiboot. 
3. 3. Copie as ISOs: Depois de instalado, o Ventoy irá apresentar uma partição onde você simplesmente pode arrastar e soltar os arquivos de imagem ISO dos sistemas.
4. 4. Inicie o pendrive: Depois de iniciar um computador com este pendrive, o Ventoy apresentará um menu para que você escolha qual sistema operacional (Linux ou Windows) deseja instalar. 

Vantagens do Ventoy:

• Multiboot: Permite instalar múltiplos sistemas em um único pendrive. 
• Simplicidade: Basta copiar os arquivos ISO; não há necessidade de ferramentas diferentes para cada sistema. 
• Compatibilidade: Suporta uma grande variedade de distros Linux e versões do Windows. 
• Sem formatação repetida: Após a configuração inicial com o Ventoy, você não precisa formatar o pendrive a cada nova imagem ISO que quiser adicionar. 

Fonte: Google